Mức phí quốc tế 25 USD tại Long Thành hiện ngang bằng với sân bay Nội Bài và cao hơn sân bay Tân Sơn Nhất 5 USD. Trong khi đó, mức phí nội địa 90.909 đồng được áp dụng đồng nhất cho cả ba sân bay lớn này. Đây là khoản tiền tách biệt với giá cước vận chuyển; hành khách sẽ thanh toán gộp vào tiền vé để các hãng bay thu hộ, sau đó chuyển giao lại cho đơn vị vận hành nhà ga.

Việc áp dụng thu phí đối với vé bán ra từ 1/10 là bước chuẩn bị cần thiết, không có nghĩa là sân bay sẽ đón khách ngay trong ngày này mà mốc khai thác thương mại dự kiến là ngày 1/12.

Đối với những hành khách đã mua vé khởi hành từ Tân Sơn Nhất nhưng sau đó lịch bay bị dời sang Long Thành, mức phí dịch vụ sẽ được giữ nguyên theo Tân Sơn Nhất. Hành khách không cần đóng thêm tiền phụ trội và cũng không được hoàn lại phần chênh lệch.

Với thiết kế công suất 25 triệu lượt hành khách và 1,2 triệu tấn hàng hóa mỗi năm trong giai đoạn một, Long Thành sẽ dần chia lửa cho Tân Sơn Nhất theo từng bước để tránh gây xáo trộn. Dựa trên đề xuất của Tổng công ty Cảng hàng không Việt Nam (ACV), sân bay Long Thành sẽ gánh vác toàn bộ các đường bay quốc tế có cự ly trên 1.000 km, các chuyến quốc tế không cố định và các đường bay mới mở khi Tân Sơn Nhất không còn khả năng đáp ứng.

Riêng với mạng lưới bay nội địa, các hãng hàng không được toàn quyền lựa chọn khai thác tại Long Thành tùy thuộc vào nhu cầu thực tế của hãng.