Hiện vẫn có sự trùng lặp giữa việc thanh, kiểm tra doanh nghiệp về nội dung, hệ quả pháp lý của hai hoạt động này. Hoạt động kiểm tra vẫn chưa được minh bạch hóa. Tình trạng nhiều cơ quan nhà nước lạm dụng hoạt động kiểm tra để nhũng nhiễu doanh nghiệp vẫn diễn ra.