Tại công văn kiến nghị gửi Bộ Tài chính, VASEP cho rằng, việc doanh nghiệp phải nộp lại khoản thuế giá trị gia tăng đã được hoàn trước đây là đúng nhưng việc doanh nghiệp bị phạt tiền chậm nộp tính từ lúc xuất khẩu lô hàng là "bất công" đối với doanh nghiệp vì khi xuất khẩu hàng hóa, doanh nghiệp không thể biết trước được việc lô hàng đó bị trả lại và bị trả lại vào thời điểm nào. 

"Doanh nghiệp đã thiệt hại do bị trả lại hàng, lại còn phải chịu chi phí phạt chậm nộp tính từ khi xuất khẩu. Nhiều lô hàng xuất khẩu vài tháng sau thậm chí cả năm sau mới bị trả lại, do vậy khoản tiền phạt nộp chậm mà doanh nghiệp phải chi trả là rất lớn, khiến gánh nặng chi phí của doanh nghiệp càng cao, nhất là trong bối cảnh các doanh nghiệp đang gặp nhiều khó khăn về sản xuất, kinh doanh do Covid-19", VASEP nêu quan điểm.  

Cụ thể,trước đó, ngày 8/11/2019, Tổng cục Thuế (Bộ Tài chính) đã có Công văn trả lời Cục Thuế TP.HCM về trường hợp của Công ty TNHH Điện tử Sam Sung HCMC vướng mắc khi kê khai hàng xuất khẩu bị trả lại khi đã được hoàn thuế. Theo đó, doanh nghiệp này phải thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế khai xuất khẩu hàng hóa bị trả lại, đồng thời phải nộp lại số tiền thuế giá trị gia tăng đã được hoàn tương ứng với giá trị hàng hóa xuất khẩu bị trả lại và phạt tiền chậm nộp theo quy định.   

Theo VASEP, vướng mắc của Sam Sung HCMC là nỗi niềm "không của riêng ai". Có thể thấy, tình trạng hoãn, hủy đơn hàng như trên xảy ra ở tất cả các doanh nghiệp thủy sản lớn nhỏ trên cả nước thời gian qua, kéo theo tình hình xuất khẩu thủy sản chung sụt giảm khá mạnh. 

Thống kê từ hiệp hội này, trong hoạt động xuất khẩu, tỷ lệ các đơn hàng được giao bình thường theo hợp đồng đã ký chỉ chiếm 30% đến 50%. Trong khi đó, tỷ lệ các đơn hàng bị khách yêu cầu tạm hoãn lên đến 40%. Dịch Covid-19 bùng phát mạnh trên toàn cầu khiến hoạt động sản xuất và xuất khẩu thủy sản của nước ta bị ảnh hưởng nặng nề, tác động đến doanh thu và lợi nhuận doanh nghiệp. Việc phải xác định chính xác mức doanh thu cụ thể là bao nhiêu với các doanh nghiệp không khác gì đánh đố. 

Bày tỏ quan điểm về quy định này, chuyên gia kinh tế Ngô Trí Long nhận định quy định quản lý thuế kiểu này "vắt kiệt" sức của doanh nghiệp, đi ngược lại các chủ trương chính sách của Chính phủ, bộ ngành đang hỗ trợ đặc biệt cho doanh nghiệp sống sót qua đại dịch Covid-19. 

"Đại dịch toàn cầu, doanh nghiệp khó khăn, Thủ tướng Chính phủ và các bộ ngành đang tìm mọi cách để hỗ trợ doanh nghiệp nhưng quy định quản lý thuế lại tréo ngoe", ông Long nói. 

Để giúp doanh nghiệp giảm chi phí sản xuất, tăng cường năng lực cạnh tranh trên thị trường quốc tế theo các nghị quyết của Chính phủ. Bộ Tài chính đang xem xét lại việc không hồi tố thời gian chậm nộp thuế VAT khi tái nhập hàng xuất khẩu đã được hoàn thuế VAT.

Bên cạnh đó yêu cầu Tổng cục Thuế có văn bản hướng dẫn đầy đủ và phù hợp để giúp các doanh nghiệp có cơ sở liên hệ và làm thủ tục liên quan đến thuế Giá trị gia tăng với cơ quan thuế khi có lô hàng xuất khẩu bị trả về.