Việc sửa đổi các quy định hướng dẫn Luật Thuế giá trị gia tăng được kỳ vọng tháo gỡ vướng mắc cho doanh nghiệp sản xuất, chế biến và xuất khẩu. Tuy nhiên, theo góp ý của Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI), nếu thiếu hướng dẫn chuyển tiếp và chưa phân định rõ trách nhiệm trong giao dịch, chính sách mới có thể phát sinh thêm rủi ro thay vì giảm gánh nặng tuân thủ.

Góp ý Dự thảo Nghị định sửa đổi, bổ sung Nghị định 181/2025/NĐ-CP, được sửa đổi bởi Nghị định 359/2025/NĐ-CP và Nghị định 144/2026/NĐ-CP, VCCI nhất trí với sự cần thiết ban hành quy định mới. Tổ chức này đánh giá các nội dung sửa đổi có thể khuyến khích đầu tư chế biến sâu, nâng giá trị sản phẩm trong nước, cải thiện dòng tiền và năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp xuất khẩu. Dù vậy, chính sách cần quy định rõ cách xử lý giao dịch đã phát sinh trước ngày văn bản mới có hiệu lực.

Điểm đầu tiên VCCI đề nghị làm rõ là điều khoản chuyển tiếp tại Điều 2 Dự thảo. Khoản 1 quy định Nghị định có hiệu lực kể từ ngày ký, nhưng chưa nêu cách xử lý các giao dịch trước thời điểm đó. Trong khi Nghị định 144/2026/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 20/6/2026, doanh nghiệp đã phát sinh hóa đơn, tờ khai hải quan và hàng tồn kho liên quan đến các mặt hàng thuộc Phụ lục II.

Đáng chú ý, ghi chú tại Phụ lục Dự thảo yêu cầu tra cứu mã hàng theo Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và Biểu thuế có hiệu lực tại thời điểm phát sinh tờ khai. Vì vậy, hàng hóa đã hoàn tất thủ tục hải quan trước ngày Nghị định mới có hiệu lực vẫn có thể phải áp dụng danh mục cũ. Nếu thiếu quy định chuyển tiếp, doanh nghiệp khó xác định cách điều chỉnh hóa đơn, kê khai bổ sung và thực hiện nghĩa vụ thuế.

Theo VCCI, cùng một tình huống nhưng cơ quan thuế và hải quan ở các địa phương có thể đưa ra cách xử lý khác nhau. Việc điều chỉnh hóa đơn, xác định kỳ khai bổ sung, xử phạt hành chính hay tính tiền chậm nộp đều có thể trở thành nguồn phát sinh tranh chấp. Doanh nghiệp phải tăng chi phí giải trình, kéo dài thời gian xử lý hồ sơ, trong khi tính thống nhất và khả năng dự đoán của chính sách suy giảm.

VCCI kiến nghị cho phép hàng hóa thuộc các mã hàng được đưa ra khỏi Phụ lục II, có thời điểm xác định thuế giá trị gia tăng từ ngày 20/6/2026 đến trước ngày Nghị định mới có hiệu lực, được áp dụng thuế suất 0% nếu đáp ứng đủ điều kiện. Doanh nghiệp cũng cần được điều chỉnh hóa đơn, khai bổ sung hồ sơ thuế và không bị xử phạt hành chính, không bị tính tiền chậm nộp đối với khoản chênh lệch phát sinh từ việc điều chỉnh.

VCCI đề nghị Bộ Tài chính hướng dẫn việc điều chỉnh hóa đơn, khai bổ sung và giải quyết hồ sơ hoàn thuế trong vòng 15 ngày kể từ ngày Nghị định có hiệu lực. Hướng dẫn thống nhất, có thời hạn cụ thể sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hoàn thiện chứng từ, hoạch định dòng tiền, thay vì chờ cách giải quyết riêng lẻ tại từng địa phương.

Vấn đề thứ hai là điều kiện áp dụng thuế suất 0% đối với hàng hóa bán vào khu phi thuế quan. Dự thảo sửa đổi Phụ lục II theo hướng mở rộng số mã hàng được hưởng thuế suất này. Tuy nhiên, điểm b khoản 1 Điều 17 Nghị định 181/2025/NĐ-CP vẫn yêu cầu hàng hóa được tiêu dùng trong khu phi thuế quan và phục vụ trực tiếp hoạt động sản xuất hàng xuất khẩu.

Trong khi đó, khoản 1 Điều 18 hiện quy định hồ sơ gồm hợp đồng, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt và tờ khai hải quan, nhưng chưa nêu tài liệu để bên bán chứng minh mục đích sử dụng hàng hóa của bên mua. Theo VCCI, quy định chưa tính đến thực tế bên bán thường không thể kiểm soát quá trình lưu kho, sử dụng hoặc chuyển nhượng hàng sau khi bàn giao.

VCCI dẫn phản ánh về trường hợp doanh nghiệp chế xuất bán lại một phần hàng hóa vào thị trường nội địa. Khi hàng hóa không được sử dụng đúng mục đích, bên bán có nguy cơ bị truy thu thuế và xử phạt, dù hành vi xảy ra sau khi bàn giao và ngoài khả năng kiểm soát trực tiếp. Rủi ro này có thể khiến nhà cung cấp trong nước dè dặt khi ký hợp đồng dài hạn, nhất là với đơn hàng lớn hoặc quan hệ cung ứng ổn định.

Để khắc phục, VCCI đề nghị bổ sung văn bản cam kết của tổ chức trong khu phi thuế quan về việc sử dụng hàng hóa phục vụ trực tiếp hoạt động sản xuất hàng xuất khẩu. Bên mua phải chịu trách nhiệm về nội dung cam kết, đồng thời kê khai và nộp thuế giá trị gia tăng nếu sử dụng hàng hóa sai mục đích. Ngược lại, bên bán có đầy đủ hồ sơ theo quy định cần được loại trừ trách nhiệm truy thu và xử phạt do hành vi vi phạm của bên mua.

Hai nhóm kiến nghị cùng hướng đến việc làm rõ thời điểm áp dụng, hồ sơ chứng minh và trách nhiệm của từng chủ thể. Chính sách thuế không chỉ cần quy định mức thuế suất, mà còn phải có cách thực thi thống nhất để doanh nghiệp dự liệu nghĩa vụ và rủi ro. Khi ranh giới trách nhiệm minh bạch, doanh nghiệp sẽ yên tâm hơn trong ký kết hợp đồng, tổ chức sản xuất và duy trì chuỗi cung ứng.

Việc hoàn thiện Nghị định không đơn thuần là điều chỉnh kỹ thuật văn bản. Cơ quan quản lý cần bảo đảm mục tiêu chống thất thu, đồng thời tránh chuyển rủi ro ngoài khả năng kiểm soát sang doanh nghiệp đã thực hiện đầy đủ nghĩa vụ. Cơ chế chuyển tiếp hợp lý và quy định rõ trách nhiệm bên bán, bên mua sẽ giúp chính sách thuế giá trị gia tăng đi vào thực tế thuận lợi hơn.